Có lẽ con người đã bắt đầu thu hái nấm từ thời tiền sử để làm thức ăn. Nấm lần đầu tiên được nhắc tới trong công trình của Euripides (480-406 TCN). Triết gia Hi Lạp là Theophrastos xứ Eressos (371-288 TCN) có lẽ là người đầu tiên cố tìm cách hệ thống hóa cây cối; nấm được xem là cây bị thiếu một số bộ phận. Về sau Gaius Plinius Secundus (23–79) có viết về nấm cục trong cuốn từ điển bách khoa Naturalis historia (Lịch sử tự nhiên) của ông.

Vào thời Trung cổ, có rất ít bước tiến trong hiểu biết về nấm. Thay vào đó, sự phát minh ra máy in đã tiếp tay cho một số tác giả phổ biến các quan niệm mê tín và sai lầm về nấm do các tác giả cổ điển trước đó đề ra.[3]

Lịch sử môn nấm học bắt đầu khi Pier Antonio Micheli xuất bản cuốn sách Nova plantarum genera tại Firenze vào năm 1737.[4] Công trình mang tầm ảnh hưởng sâu sắc này đã đặt nền tảng cho việc phân loại một cách có hệ thống các loài cỏ, rêu và nấm. Tuy nhiên, theo Ekriksson Gunnan (1978) thì người có công nghiên cứu sâu về nấm thực ra là Elias Magnus Fries (1794 - 1874).[5]